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基于生物信息学分析肝癌组织中关键基因及MicroRNA

  • 作者:吴娜  毛祥坤  万治平  李瀚旻
  • 单位:江西中医药大学附属医院  南昌市洪都中医院  湖北省中医院湖北中医药大学附属医院湖北省中医药研究院

摘要:

目的:探讨肝细胞癌中关键基因、miRNA及相关的信号通路。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中下载4个芯片数据(GSE62232、GSE84598及GSE452673个基因数据及GSE98269miRNA数据)进行分析。将筛选出的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)输入DAVID数据库进行Gene ontology(GO)及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析,用Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作分析图。将筛选出的差异miRNA(differentially expressed miRNAs,DEMs)用在线软件miRDB进行靶基因预测。结果:通过筛选后发现152个DEGs(103个下调基因及49个上调基因)及34个DEMs(26个DEMs高表达,8个DEMs低表达)。经过DAVID分析后发现P53信号通路、卵母细胞减数分裂等生物过程参与肝癌的发生发展。结论:在152个DEGs中TOP2A、AURKA、HMMR、ANLN、CCNB1、CCNB2、CDK1、CDK3、CENPF、NDC80等10个过表达靶基因可作为肝癌的潜在生物学标记物,miR-424-5p为肝癌的重要miRNA,P53信号通路可能是肝癌的关键作用分子机制。

  • 【基   金】:
  • 国家自然科学基金项目(81973669,81373513)
  • 国家中医临床研究基地(湖北)重点病种研究项目(JDZX2015172)
  • 李瀚旻名老中医传承工作室项目(鄂卫生计生办通[2018]32号)
  • 【关键词】:
  • 肝癌
  • 生信分析
  • DEGs
  • DEMs
  • 信号通路

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期刊名称:中华中医药学刊

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期刊详情

主管单位:中华人民共和国国家中医药管理局

主办单位:中华中医药学会,辽宁中医药大学

出版地方:辽宁

专业分类:医学

国际刊号:1673-7717

国内刊号:21-1546/R

邮发代号:8-182

创刊时间:1982年

发行周期:月刊

期刊开本:大16开

见刊时间:1年以上

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