首页 > 论文范文 > 农业科技论文 > 畜牧综合论文 > 畜牧学论文 > 一株猪圆环病毒3型的鉴定和遗传演化分析

一株猪圆环病毒3型的鉴定和遗传演化分析

2024-01-03 106 上传者：管理员

摘要：目的了解宜宾市养殖场猪圆环病毒（PCV）3型的基因组特征和遗传变异规律。方法本试验利用PCR方法从患有呼吸困难仔猪中鉴定出一株PCV3，命名为SC-YB2212。经过PCR方法扩增衣壳蛋白序列，对测序结果拼接并进行系统进化树分析。结果 SC-YB2212与国内株PCV3序列同源性为97%～97.9%。遗传进化分析发现SC-YB2212与河北株MF318449和广西株MG650174和云南株MG650176属于同一分支，与西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近，与四川株MZ449244和重庆株KY075992亲缘关系较远。结论本研究为深入了解PCV3的感染及其毒株的分子特征和遗传变异，为PCV3的致病性研究和防控提供参考。

关键词：
3型
复制蛋白
最小的动物病毒
猪圆环病毒
衣壳蛋白
加入收藏

猪圆环病毒（porcinecircovirus,PCV）为单链环状DNA病毒，无囊膜，是已知最小的动物病毒之一。PCV有4种病毒类型，分别为PCV1、PCV2、PCV3和PCV4[1]。PCV1通常认为不具有致病性。PCV2能够引起宿主机体的免疫抑制，导致断奶仔猪发生多系统衰弱综合征、母猪的皮炎与肾病综合征[2]和繁殖障碍的临床症状[3,4]。2016年，PCV3首次发现于美国密苏里州、明尼苏达州和南达科塔州，感染后，使宿主患有心肌炎、呼吸系统和神经系统疾病，母猪流产率增加，出现产死胎或木乃伊胎现象[5]。PCV3的基因组全长1999～2001bp，包含3个主要的ORFs,ORF1编码复制起始相关蛋白Rep和Rep’由296～297个氨基酸组成，是圆环病毒基因组最保守的区域。ORF2编码圆环病毒粒子中唯一的结构蛋白，即衣壳蛋白，由214个氨基酸组成，具有免疫原性。ORF3能够调控宿主细胞凋亡的非结构蛋白，由231个氨基酸组成。本研究从四川省宜宾市某猪场患有呼吸困难的仔猪血液中鉴定一株PCV3，命名为SC-YB2212，通过遗传变异分析，了解SC-YB2212的分子特征，为PCV3分子流行病学研究和防控提供参考。

1、材料与方法

1.1 病料来源

临床样本来源于2022年10月四川省宜宾市某养殖场，发病症状主要包括仔猪呼吸困难、气喘等状况，采集仔猪的血液。按照DNA提取试剂盒说明书，提取猪的血液DNA备用，存于-80℃。

1.2 主要试剂

病毒DNA提取试剂盒，购自天根生物科技有限公司；胶回收试剂盒，购自爱思进生物科技有限公司；p MD18T,DH5α,DL2000marker、Ex Taq酶、均购自TAKARA。

1.3 引物设计

利用猪圆环病毒3型鉴定引物R-F:5’-CCCCCATGGGGGGAGCGGTTTC-3’;R-R:5’-ATTCC-GGGGCCGGTTTTCTC-3’对血液DNA进行PCR鉴定。

1.4 PCR扩增及测序

反应条件：98℃预变性3min;98℃变性15s,55℃退火30s,72℃延伸1min，共进行35个循环；72℃终延伸10min。PCR产物由成都擎科生物科技有限公司进行测序，鉴定的病毒株命名为SC-YB2212。

1.5 基因序列分析

从Gen Bnka中选择不同基因型PCV3全基因序列。利用DNAStar软件中的Meg Align Clustal W计算法对SC-YB2212的基因组序列进行同源性分析，用MEGA6.0比邻法进行遗传变异分析，构建遗传进化树，分析SC-YB2212与参考毒株的遗传进化关系。（见图1）。

2、结果

2.1 基因序列的比较分析

SC-YB2212与参考序列之间的同源性最高的为美国株KX898030(97.9%），与德国株MG014368的同源性最低为94.9%，与其他国内株同源性较高（97.0%～97.7%）。SC-YB2212与四川宜宾株SC-YB2203相比，衣壳蛋白同源性为98.6%，这表明宜宾地区的PCV3抗原性多样的情况。

图1 SC-YB2212与参考毒株核苷酸序列相似性比对结果

2.2 SC-YB2203遗传进化分析

使用MEGA6.0软件将SC-YB2212与国内外PCV3核酸序列进行比对，构建进化树。结果显示SC-YB2212与河北株MF318449和广西株MG650174、云南株MG650176属于同一分支，与西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近，与四川株MZ449244和重庆株KY075992亲缘关系较远（见图2）。

图2 PCV3衣壳蛋白遗传进化分析

3、讨论

本研究通过采集呼吸困难仔猪的血液，进行PCR方法检测和鉴定，获得一株PCV3序列，命名为SC-YB2212。序列分析显示PCV3没有明显的地域性，与国内株PCV3序列同源性为97%～97.9%。

遗传进化分析发现SC-YB2212与河北株MF318449、广西株MG650174、云南株MG650176属于同一分支，与西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近，与四川株MZ449244和重庆株KY075992亲缘关系较远。这说明SC-YB2212与猪只频繁调动相关，导致毒株交叉传播。PCV3衣壳蛋白作为主要抗原性蛋白，而西南地区PCV3存在多基因亚型并存现象，说明抗原性发生变异，因此，不同基因型存在是否影响致病性需要进一步研究。

综上所述，本研究鉴定了一株PCV3,SC-YB2212，遗传分析发现其与多株国外毒株和广西株和云南株遗传关系较近，与四川株和重庆株遗传关系较远，本研究有助于丰富西南地区PCV3的基因型特征，为后续防控提供依据。

基金资助:宜宾学院博士启动项目(2019QD09,2019QD10);

文章来源:张琴,杨漫漫,张月等.一株猪圆环病毒3型的鉴定和遗传演化分析[J].口岸卫生控制,2023,28(06):56-58.