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ASXL1突变位点及共突变基因对髓系肿瘤患者预后的影响

2024-06-21 302 上传者：管理员

摘要：目的:探讨ASXL1突变位点和共突变基因对髓系肿瘤预后的影响。方法:从cBioportal数据库中下载髓系肿瘤患者(AML、MDS、CMML)突变及临床数据进行筛选，纳入290例ASXL1突变初诊成人髓系肿瘤患者的资料；收集我院2016年1月至2023年6月收治的94例伴ASXL1突变初诊AML、MDS、CMML患者的数据资料，与数据库中筛选的290例资料合并。应用Excel、SPSS 25.0和R4.3.1软件进行分析统计。结果:ASXL1G646组中伴SRSF2,RUNX1,STAG2,CBL,IDH2共突变的比例均高于ASXL1other组，仅RUNX1共突变在两组之间的差异有统计学意义[35.7%(41/115)vs 20.4%(55/269),P=0.002]。TET2在AML患者中突变比例高于MDS和CMML(50.8%vs 30.8%vs 48.6%,P=0.001),STAG2、SF3B1在MDS中突变比例最高(STAG2:6.2%vs 19.4%vs 9.7%,P=0.010;SF3B1:1.5%vs 17.8%vs 4.2%,P=0.000),SRSF2在CMML中突变比例最高(29.2%vs 27.9%vs 45.8%,P=0.015),差异具有统计学意义。多因素分析示年龄≥68岁、RUNX1突变、STAG2突变均为影响患者预后的独立危险因素。生存分析示ASXL1G646组患者OS略短于ASXL1other组，但差异无统计学意义。结论:ASXL1突变位点对髓系肿瘤患者预后无明显影响，初诊时年龄≥68岁、伴RUNX1突变、STAG2突变是影响ASXL1突变髓系肿瘤患者OS的独立危险因素。

关键词：
ASXL1突变
共突变基因
急性髓系白血病
骨髓增生异常综合征
髓系肿瘤
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髓系肿瘤是一类造血干细胞和祖细胞过度增殖、异常自我更新和分化缺陷为特征的克隆性造血疾病。研究发现，染色质修饰基因ASXL1在多种髓系肿瘤[急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)[1,2]、骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome, MDS)[3]、骨髓增殖性肿瘤(myeloproliferative neoplasm, MPN)[4,5]、慢性粒-单核细胞白血病(chronic myelomonocytic leukemia, CMML)[6]等]中发生突变并预示着较差的OS。ASXL1共突变基因是髓系肿瘤研究的热点之一，但目前国内外对ASXL1突变位点与髓系肿瘤生存相关性的研究较少。本研究以ASXL1突变的髓系肿瘤患者为研究对象，探讨ASXL1共突变基因和突变位点对髓系肿瘤预后的影响。实验设计及流程符合我院伦理委员会审查标准(批件编号：LDYYLL2023-455)。

1、资料与方法

1.1 生信资料

访问cBioportal数据库(http: //www.cbioportal.org/),检索词为“myeloid”,检索时间2023/8/5,选择“Myelodysplastic Syndromes(MDS IWG,IPSSM,NEJM Evidence 2022)”,下载临床数据进行筛选，纳入资料相对完整的ASXL1突变初诊成人髓系肿瘤患者290例，其中AML 15例，MDS 211例，CMML 64例。在检索界面“Enter Genes”模块输入40种临床常检测的髓系肿瘤相关基因(包括ASXL1、BCOR、BCORL1、BRAF、CALR、CBL、CEBPA、CSF3R、CUX1、DNMT3A、ETV6、EZH2、FLT3、GATA1、GATA2、GNAS、IDH1、IDH2、JAK2、KIT、KRAS、MPL、NF1、NPM1、NRAS、PHF6、PTPN11、RAD21、RUNX1、SETBP1、SF3B1、SH2B3、SMC3、SRSF2、STAG2、TET2、TP53、U2AF1、WT1、ZRSR2),下载并筛选纳入290例患者对应的突变数据。

1.2 临床资料

收集我院2016年1月至2023年6月收治的资料完整的94例二代测序结果提示ASXL1突变的初诊成人AML、MDS、CMML患者数据资料，包括性别、年龄、初诊时白细胞计数、血红蛋白含量、血小板计数、中性粒细胞绝对值、基因检测结果(共突变基因及个数)、疾病类型，并进行随访。随访起点为确诊时间，随访终点为2023年8月8日或患者死亡时间。

1.3 统计学分析

应用Excel、SPSS 25.0和R4.3.1软件进行分析统计。计量资料以

或中位数表示，符合正态分布的计量资料采用独立样本t检验进行组间比较，不符合正态分布的资料采用秩和检验进行组间比较。分类资料以n(%)表示，采用卡方检验进行比较。预后因素分析采用Cox比例风险回归模型进行，采用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线。P<0.05为差异有统计学意义。

2、结果

2.1 ASXL1共突变基因分析

290例ASXL1突变患者中，男性为219例，女性71例。中位年龄72(19～98)岁。ASXL1共突变基因中频率较高的前10位依次为：TET2(31.7%),SRSF2(29.3%),RUNX1 (27.6%),STAG2(19.7%),EZH2(19.0%),SF3B1(14.8%),U2AF1(13.8%),ZRSR2(11.0%),CBL (10.3%),IDH2(10.0%),突变频率较低的后五位依次是：BCORL1(1.0%), NPM1(1.0%),SMC3(1.0%),CALR (0.3%),GATA1(0.3%)(图1)。

将临床收集的94例ASXL1突变初诊成人髓系肿瘤患者与数据库中的290例患者资料整合，384例患者中共443个突变位点，最常见的为c.1934dupG,即p.G646Wfs*12,比例为29.9%(115/384)(图2)。选取上述共突变频率较高的前10位基因进行分析，按照突变位点是否为p.G646Wfs*12将患者分为ASXL1G646组与ASXL1other组(115例vs 269例),两组患者中最常见的共突变基因均为TET2[43(37.4%)vs 101(37.5%)]。ASXL1G646组中伴SRSF2,RUNX1,STAG2,CBL,IDH2共突变的比例均高于ASXL1other组，仅RUNX1共突变在两组之间的差异有统计学意义[35.7%(41/115)vs 20.4%(55/269),P=0.002)],其余9种基因突变差异在两组患者中均无统计学意义(表1)。384例ASXL1突变初诊成人髓系肿瘤患者中AML 65例，MDS 247例，CMML 72例，三组患者中突变比例最高的基因均为TET2,其中TET2在AML患者中突变比例高于MDS和CMML(50.8% vs 30.8% vs 48.6%,P=0.001),STAG2、SF3B1在MDS中突变比例最高(STAG2:6.2% vs 19.4% vs 9.7%,P=0.010;SF3B1:1.5% vs 17.8% vs 4.2%,P<0.001),SRSF2在CMML中突变比例最高(29.2% vs 27.9% vs 45.8%,P=0.015),差异具有统计学意义(表2)。

图1 290例ASXL1突变髓系肿瘤患者基因分布情况

图2 髓系肿瘤患者ASXL1基因突变位点的棒棒糖图(n=384例) 绘图使用cBioportal生信分析工具Mutation Mapper完成[7,8]

2.2 预后影响因素分析

将性别、年龄、共突变基因个数、ASXL1突变位点、共突变基因(TET2、SRSF2、RUNX1、STAG2、EZH2、SF3B1、U2AF1、ZRSR、CBL、IDH2)纳入单因素及多因素分析，其中年龄、共突变基因个数分别以中位数为界分为两组，以双侧P<0.05为差异有统计学意义。单因素分析显示：年龄≥68岁、共突变基因个数≥6、RUNX1突变、STAG2突变是影响OS的危险因素，性别、ASXL1突变位点、TET2、SRSF2、EZH2、SF3B1、U2AF、ZRSR2、CBL、IDH2突变对OS无显著影响(图3)。多因素分析显示：年龄≥68岁、RUNX1突变、STAG2突变是影响患者OS的独立危险因素(图4)。

2.3 生存分析

346例未失访ASXL1突变髓系肿瘤患者中，ASXL1G646与ASXL1other两组患者的OS分别为24.63(95%CI 17.88～31.37)个月和27.70(95%CI 20.99～34.41)个月 (P=0.821),差异无统计学意义。年龄≥68岁和<68岁的患者的总生存期分别为24.36(95%CI 20.49～28.24)个月和28.75(95%CI 19.71～37.80)个月(P=0.044),差异有统计学意义；突变个数≥6的患者的总生存期为22.59(95%CI 17.87～27.31)个月，短于突变个数<6的患者[31.65(95%CI 21.11～42.18)个月](P=0.036);ASXL1mutRUNX1mut和ASXL1mutRUNX1WT患者中位OS时间分别为17.80(95%CI 12.40～23.19)个月和33.32(95%CI 24.91～41.74)个月(P<0.001),前者明显短于后者。ASXL1mutSTAG2mut与ASXL1mutSTAG2WT中位OS时间分别为17.20(95%CI 12.51～21.88)个月和 31.65(95%CI 24.49～38.80)个月(P=0.001) (图5)。

表1 384例ASXL1突变髓系肿瘤患者按位点分组的临床和实验室特征比较

表2 384例髓系肿瘤患者不同诊断类型的共突变基因比较n(%)

3、讨论

本研究分析了数据库及临床共384例初诊ASXL1突变髓系肿瘤患者资料。因临床部分患者检测基因范围较小，因此40种基因共突变分析以cBioPortal数据库中筛选的290例患者为主[7,8]。ASXL1在多种髓系肿瘤中发生突变并预示着较差的OS。既往研究显示，ASXL1突变常伴随RUNX1、TET2、IDH2突变[2,9],与NPM1突变互斥[9];本研究显示TET2、SRSF2、RUNX1、STAG2、EZH2、SF3B1、U2AF1、ZRSR2、CBL、IDH2突变与ASXL1突变相关，BCORL1、NPM1、SMC3、CALR、GATA1与ASXL1突变互斥。根据MDS、AML的最新预后研究，ASXL1、SRSF2、RUNX1、STAG2、EZH2、SF3B1、U2AF1、ZRSR2、BCOR突变被认为是不良风险[10],由此可见本研究中ASXL1共突变基因多为预后不良基因，提示ASXL1突变髓系肿瘤患者的不良预后可能为共突变基因共同作用所致。

ASXL1最常见的突变位点为p.G646Wfs*12,目前国内外关于该位点与其他位点的差异性研究较少。JOHNSON等[11]纳入了1 414例ASXL1突变髓系肿瘤，发现STAG2突变更有可能出现在ASXL1G646组(21% vs 16%,P=0.02),SETBP1突变更常出现在ASXL1other组(15% vs 10%,P= 0.01),但该研究未进行ASXL1突变位点对预后的影响分析。本研究显示ASXL1G646组中伴SRSF2、RUNX1、STAG2、CBL、IDH2共突变的比例均高于ASXL1other组，且RUNX1突变在两组之间的差异有统计学意义(35.7% vs 20.4%,P=0.002)。生存分析显示，ASXL1G646组患者的OS略短于ASXL1other组，但差异无统计学意义。一项研究证实ASXL1突变检测可能受到DNA聚合酶校对活性和二代测序文库制备方法的影响[12]。由于本研究中临床数据时间跨度较大，部分早期数据可能受到检测技术等影响而存在误差，针对ASXL1突变位点的生存分析有必要进行更加标准化的大型数据研究。FRIEDRICH等建立了一种灵敏、迅速的片段分析方法“PCR-Fluo-ASXL1-FA”[13],作为二代测序的补充能够更加完善检测髓系肿瘤中ASXL1突变状态，特别是 c.1934dupG位点。

图3 ASXL1突变髓系肿瘤患者总生存期单因素分析

图4 ASXL1突变髓系肿瘤患者总生存期多因素分析

图5 ASXL1突变髓系肿瘤患者总生存期分析

既往研究显示RUNX1与ASXL1共突变患者对去甲基化药物反应欠佳[14],总生存率低，预后较差[14,15]。本研究显示在ASXL1突变髓系肿瘤患者中，伴有RUNX1共突变的患者OS明显短于不伴RUNX1共突变的患者(P<0.001),与既往研究一致。先前研究对于相关机制进行了探索，认为二者共突变增加缺氧诱导因子-1α亚基(HIF1-α)活性及其靶基因ID1表达，可能作为未来治疗ASXL1突变白血病的潜在靶点[16]。针对STAG2突变的预后影响现有研究存在争议。THOTA等[17]报道STAG2突变MDS患者中位OS明显降低，在存活至少12个月的MDS患者中差异更为显著(P=0.01)。ECKARDT等研究发现[18]STAG2突变常与ASXL1(31.8%对6.9%,P<0.001)、RUNX1(18.2%对8.8%,P=0.007)、IDH2(23.9%对13.5%,P=0.011)、BCOR(12.5%对4.3%,P=0.002)、SRSF2(27.3 %对5.1%,P<0.001)、CUX1(6.8%对2.4%,P=0.004)、ZRSR2(4.5%对1.4%,P=0.044)突变伴随发生，但STAG2突变对患者结局没有独立影响。本研究显示ASXL1伴STAG2突变患者的中位OS时间明显短于不伴有STAG2突变的患者(P=0.001),并且STAG2是影响ASXL1突变髓系肿瘤患者OS的独立危险因素。

FAN等[19]报道ASXL1突变AML患者中共突变基因比例最高的为TET2(48.35%),其次为U2AF1(16.48%),陈梅玉等[20]研究也显示U2AF1(27.0%)和TET2(18.7%)是ASXL1突变MDS患者最常见的共同突变基因。CUI等[21]提出ASXL1突变CMML伴随TET2共突变的比例为26.15%,并且共突变患者的OS更低。本研究显示在ASXL1突变成人初诊AML、MDS、CMML患者中，突变比例最高的基因均为TET2,与既往研究大致相符。进一步亚组分析显示，TET2在ASXL1突变AML患者中比例高于MDS和CMML,STAG2、SF3B1在ASXL1突变MDS中突变比例最高，SRSF2在ASXL1突变CMML中突变比例最高，但既往研究对于ASXL1突变髓系肿瘤患者不同疾病类型之间共突变基因的差异性研究较少，有必要进行大型数据研究来评估ASXL1突变髓系肿瘤患者中共突变基因差异及预后影响。

综上所述，ASXL1突变位点对髓系肿瘤患者的不良预后无明显影响，初诊时年龄偏高、RUNX1突变、STAG2突变是影响OS的独立危险因素。临床诊疗过程中基因检测具有重要的指导意义，针对ASXL1突变位点的生存分析有必要进行更加标准化的大型数据研究。

参考文献:

[2]贾闻博,刘金婷,杨新雨,等.伴ASXL1基因突变初诊急性髓系白血病患者的临床特征及生存分析[J].中华血液学杂志,2022,43(10):833-840.

[5]谭雅娴,许娜,黄继贤,等.108例骨髓增殖性肿瘤患者基因突变与临床特征分析[J].中华血液学杂志,2020,41(7):576-582.

[20]陈梅玉,刘洁,晁红颖,等.骨髓增生异常综合征患者的ASXL1基因变异分析[J].中华医学遗传学杂志,2020,37(2):110-115.

基金资助:甘肃省药品科研项目(编号:2021GSMPA009);

文章来源:魏自秀,成娟.ASXL1突变位点及共突变基因对髓系肿瘤患者预后的影响[J].现代肿瘤医学,2024,32(14):2585-2590.