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基于网络药理学探讨润僵五味汤治疗类风湿关节炎的作用机制

  2024-06-26    118  上传者:管理员

摘要:目的 采用网络药理学方法探讨润僵五味汤治疗类风湿关节炎(RA)的分子作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和现有文献搜集获取润僵五味汤的有效成分,并借助TCMSP数据库对得到的有效成分作用靶点进行筛选;在人类基因综合数据库(GeneCards)、人类疾病相关基因与突变位点信息数据库(DisGeNET)、药物靶标数据库(TTD)、药物遗传学和药物基因组学数据库(PharmGKB)中搜索RA相关基因靶点;将疾病靶点与润僵五味汤筛选后的有效成分作用基因靶点进行映射交集,采用Cytoscape3.9.1软件建立药物-成分-靶点-疾病网络;借助STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络;采用Cytoscape3.9.1软件进行基因本体(GO)功能分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用AutoDockVina软件进行分子对接。结果 共获得润僵五味汤有效成分132个,其中关键成分为槲皮素、木犀草素、山萘酚、熊果酸和芦丁;润僵五味汤治疗RA的作用基因靶点64个;核心作用靶点为基质金属蛋白酶(MMP)9、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS)2、细胞间黏附分子(ICAM)1、核因子(NF)-κB抑制蛋白alpha(NFKBIA)、血管细胞黏附分子(VCAM)1等。KEGG信号通路主要涉及Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、细胞凋亡、NF-κB信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路。结论 润僵五味汤治疗RA具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,可通过调控相关信号通路调节机体免疫功能、影响细胞凋亡、抑制炎症反应。

  • 关键词:
  • RA
  • 免疫系统异常
  • 润僵五味汤
  • 类风湿关节炎
  • 网络药理学
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类风湿关节炎(RA)是由免疫系统异常攻击机体主要关节部位,导致持续性自身免疫性疾病,伴随滑膜组织炎症、骨侵蚀及关节正常结构的破坏[1]。随着人口老龄化的进展,RA的老龄化也在增长[2]。鉴于老年人生理和病理特性,老年发病的RA与非老年发病的RA在临床表现和治疗等方面存在诸多差异[3]。现代医学针对老年发病的RA,依旧采用非甾体抗炎药(NSAIDs)、糖皮质激素、改变病情的抗风湿类药物(DMARDs)作为主要治疗手段,然而老年人的特殊体质致使其对风湿药物的副作用尤为敏感[4]。生物制剂虽可在短期内缓解病情,可费用高昂、安全性不明及远期作用难以预测等问题,限制了其在临床中的应用[3]。因此,迫切需求从传统民族药中寻找和开发高效、低毒的抗风湿药。润僵五味汤由栀子、苦参、诃子、川楝子、肋柱花等5味药组成;出处是《通瓦嘎吉德》(19世纪吉格木德丹僧扎木苏),主要用于陈旧性热症、隐伏热症,用于污血和精血相混症。本研究通过网络药理学研究方法,探究润僵五味汤对 RA 治疗的分子作用机制,为更深入研究提供依据。


1、资料与方法


1.1 润僵五味汤有效成分与基因靶点的获取

利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,https: //old.tcmsp-e.com/tcmsp.php),并根据现有文献分别搜集润僵五味汤5味药的化学成分,利用TCMSP数据库对得到的5味药的有效成分作用靶点进行筛选。

1.2 润僵五味汤治疗RA基因靶点的获取

使用人类基因综合数据库(GeneCards, 预测分数阈值大于8)、人类疾病相关基因与突变位点信息数据库(DisGeNET)、药物靶标数据库(TTD)、药物遗传学和药物基因组学数据库(PharmGKB),输入Rheumatoidarthritis检索RA的疾病靶点。将上述疾病靶点与筛选后的有效成分作用基因靶点取交集。

1.3 药物-成分-靶点-疾病网络的建立

将5味药、筛选后的各药物有效成分、RA的基因靶点与疾病导入Cytoscape3.9.1软件,绘制药物-成分-靶点网络。

1.4 蛋白-蛋白互作(PPI)网络与润僵五味汤治疗RA基因靶点分析

将润僵五味汤治疗RA的作用靶点上传至STRING数据库(https: //cn.string-db.org/)中,从而获取蛋白相互作用关系,并导入Cytoscape3.9.1软件绘制PPI网络。使用R对获取的基因靶点进行基因本体(GO)功能分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。

1.5 分子对接

分别在蛋白质结构数据库(PDB)(http: //www.pdb.org)和ZINC(https: //zinc.docking.org)数据库中获取蛋白和小分子结构pdb文件。利用pymol对蛋白大分子进行除水去自带配体等处理,小分子用chem3D进行结构最优化处理。用AutoDock对蛋白质和小分子进行加氢,小分子进一步确定扭转键,保存为pdbqt文件后,用autogrid进行对接区域设置,然后导出对接区域信息文件,利用AutoDockVina软件进行分子对接。


2、结果


2.1 润僵五味汤有效成分

TCMSP数据库搜索并结合文献挖掘,共获得润僵五味汤有效成分132种,作用靶点242个。将得到的有效成分和基因靶点导入Cytoscape3.9.1软件中,使用cytoHubba算法工具对导入数据进行分析,得到排名前5的有效成分为:槲皮素、木犀草素、山萘酚、熊果酸、芦丁。

2.2 润僵五味汤治疗RA的作用靶点

分别在GeneCards、TTD、DisGeNET、PharmGKB中输入“Rheumatoidarthritis”,检索RA的疾病作用靶点,得到疾病靶点943个。将得到的润僵五味汤作用基因靶点和RA作用靶点取交集,得到润僵五味汤治疗RA的作用基因靶点64个。

2.3 药物-成分-疾病靶点网络的建立

将润僵五味汤药物、药物成分、药物-疾病共有靶点导入Cytoscape3.9.1软件,绘制“药物-成分-靶点”图,见图1。每个图案表示一个节点,连线表示各个节点的联系。圆形图案中心为润僵五味汤单药白色图案表示,围绕中心单味药绿圆形排列的是5味单药对类风湿关节炎起作用的有效成分,深绿色图案表示润僵-5味汤治疗RA的作用靶点,红色代表五味药共有的有效成分。

图1 “润僵五味汤-有效成分-靶点-疾病”网络

2.4 PPI网络的构建

将得到的64个润僵五味汤治疗RA的作用靶点导入STRING数据库,得到PPI网络,然后再将得到的数据导入Cytoscape3.9.1绘制PPI网络,见图2。网络中节点代表蛋白,边表示蛋白之间的相互作用,共涉及64个节点,693条边。使用Cytoscape3.9.1软件中cytoHubba算法工具对PPI网络进行分析,得到度(degree)值大于35的综合排名前10联系最为密切的靶点:基质金属蛋白酶(MMP)9、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS)2、细胞间黏附分子(ICAM)1、核因子(NF)-κB 抑制蛋白alpha(NFKBIA)、血管细胞黏附分子(VCAM)1、信号转导和转录激活因子(STAT)1、Toll 样受体(TLR)4、v-akt 鼠胸腺细胞瘤病毒癌基因同源物(AKT)1、白细胞介素(IL)1α、TLR2。

2.5 GO功能与KEGG通路富集分析

将64个润僵五味汤治疗RA的关键靶点导入DAVID数据库,设置物种为人类,进行生物过程和通路富集分析。将富集结果取前10位制作条形富集图,见图3。通过GO功能分析发现基因靶点涉及的生物过程(BP)包括细胞因子调控、NF-κB信号转导、细胞对氧化应激的反应、DNA结合转录因子活性的正调控、凋亡信号通路负调控等;细胞组分(CC)主要涉及膜微区、膜筏、膜区、质膜外侧等;分子功能(MF)主要涉及蛋白质同源二聚化活性、转录调控区序列特异性DNA结合、大分子复合物结合等。通过KEGG通路富集分析发现,Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、细胞凋亡、NF-κB信号通路、IL-17信号通路是其主要途径,见图4。

图2 润僵五味汤治疗RA的PPI网络

图3 润僵五味汤治疗RA的作用靶点GO分析

2.6 分子对接

将核心靶点MMP9、PTGS2、NFKBIA 等分别同润僵五味汤的主要有效成分槲皮素、木犀草素、山萘酚、熊果酸与芦丁实施分子对接。结果见表1。倘若结合能<0,说明配体分子都能够与受体蛋白自发结合,且结合能越小对接效果越佳。根据表中数据能够得知,最低结合能均≤-5.9 kCal/mol, 说明配体与受体蛋白的结合性能良好。其中,PTGS2 与芦丁的对接为最低结合能。

图4 润僵五味汤治疗RA的作用靶点KEGG分析

表1 分子对接结果


3、讨论


RA是一种以慢性、对称性、致残性关节炎为主要特征的系统性自身免疫疾病。它所侵犯的主要靶器官为关节滑膜,也能侵犯浆膜、肺、心脏、血管、神经系统、眼等组织器官[3]。在蒙医学中,将RA称作“陶赖”病,觉得此疾病是因为情志受损、饮食起居不当而导致三根七素失衡,赫依与血相搏,黄水偏多,浊热余邪侵犯关节,阻碍气血运行所引发[5]。近些年来,蒙医蒙药在对本病的认知和治疗方面取得了一定的进步。蒙药的治疗疗效确切,能够有效改善RA病情,并且蒙药药材属于纯自然植物,可以多靶点作用于人体的各个系统,副作用较小[6]。依据 PPI 网络筛选的结果,本研究推断 MMP9、PTGS2、ICAM、NFKBIA、VCAM1 等基因属于润僵五味汤医治 RA 的核心作用靶点。研究发现MMP9可降解软骨中的纤维胶原蛋白Ⅰ、Ⅱ和蛋白多糖[7],同时MMP9可促进成纤维细胞迁移、炎症细胞浸润,导致软骨的破坏[8,9,10,11]。PTGS2在一般情况下表达水平较低,在巨噬细胞经过促炎刺激后高表达[12]。PTGS2 的上游受到经典的NF-κB信号通路的调控[13]。NFKBIA 是 NF-κB 的抑制因子,可以阻止 NF-κB 信号通路的激活[14]。近年来发现巨噬细胞移动抑制因子(MIF)、ICAM-1、VCAM-1与 RA 的发病紧密关联[15]。ICAM-1和VCAM-1均属于免疫球蛋白超家族成员。ICAM-1在细胞间及滑膜细胞与细胞外基质之间的黏附过程中起着关键作用,这种黏附作用可诱导滑膜细胞的迁移和增殖,从而引发一系列病理改变。相比之下,VCAM-1在正常情况下表达较低,但在机体受到炎性因子刺激时,其表达量会上调,促使免疫细胞(特别是单核细胞和淋巴细胞)紧密黏附于内皮细胞,进一步推动炎症反应的发展和免疫细胞的浸润[16,17]。

蒙药治疗RA的重要手段之一是调节相关信号通路。本研究揭示,润僵五味汤的关键成分能够集中作用于RA的疾病信号通路,这表明其治疗RA的机制是通过调节这些信号通路来实现的。其中,TLRs信号通路是关键的一环。TLRs是Ⅰ型跨膜蛋白受体,能够识别微生物的病原相关分子模式(PAMPs)及宿主自身损伤细胞产生的损伤相关分子模式(DAMPs),在天然免疫中扮演重要角色。当TLRs与这些分子结合后,会启动一系列的信号转导过程,从而引发免疫反应[18]。TNF信号通路在全身的炎症反应中发挥着关键作用。当TNF与相应的受体结合后,会触发一系列的反应,包括促进血管内皮生长因子的增殖与迁移,及影响血管内皮细胞分泌一些促血管再生因子。这些过程对血管再生产生阻碍作用,从而可能导致骨与软骨的损伤。在RA的病理过程中,TNF信号通路会导致TNF-α因子水平显著升高,进一步加剧机体的炎性反应[19,20]。与此同时,NF-κB信号通路也是免疫反应和炎症过程中重要的调节因子之一。这一通路在细胞反应系统中占据重要地位,能够调控多种细胞因子的活性,如TNF-α、IL-1β、IL-6及脂多糖等。当TNF-α、IL-1等与相应的受体结合并被激活后,NF-κB会被激活并进入细胞核。在细胞核内,经过磷酸化作用后,NF-κB与特定的启动子结合,促进核转录过程,从而上调炎性细胞因子的分泌,导致细胞炎症的产生。这种炎症反应会通过正反馈机制进一步激活NF-κB信号通路,形成一个持续的炎症反应循环[21,22,23]。IL-17信号通路在炎症反应中扮演着关键角色,特别是在RA的发病过程中。该通路能够通过激活多种信号分子,如丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、c-Jun 氨基末端激酶(JNK)、细胞外信号调节激酶(ERK)、Janus 激酶(JAK)及STAT等,进一步促进NF-κB激活物衔接蛋白(ACT1)的活化。这一连串的反应最终导致炎性因子如IL-1β、IL-6、TNF-α及MMP的释放,从而加剧了炎症反应[24]。IL-17信号通路不仅参与了RA发病早期的进行性炎症过程,还与晚期骨破坏的形成密切相关。

本研究发现,木犀草素、槲皮素、山萘酚、熊果酸和芦丁可能是润僵五味汤治疗RA 的重要活性成分。山萘酚具有抗氧化、抗炎等作用,可负调控 NF-κB、MAPK 等信号通路,减少 TNF-α、IL-1β、IL-6 等炎症因子的分泌[25,26]。木犀草素具有抗炎、抗过敏、抗氧化等作用[27,28,29,30],通过多种渠道参与免疫调节,包括抑制活性氧及活性氮的产生,调节花生四烯酸的代谢及调控炎性信号通路的传导,抑制炎性细胞因子和炎症介质的表达[31]。槲皮素具有抗炎、抗氧化、免疫调节和抑制关节滑膜组织增殖等多种活性,在延缓 RA 病理进程中发挥起到作用[32,33]。槲皮素具有抑制炎性介质的分泌与释放的作用,机制与调控 NF-κB密切相关[34]。熊果酸具有抗炎[35,36]、抗骨质疏松、免疫调节等作用[37,38],能显著减轻胶原诱导关节炎CIA大鼠关节的病理改变,降低大鼠关节中 TNF-α、IL-17 和前列腺素(PG)E2 的表达[39]。芦丁具有促进 MH7A 细胞(人RA滑膜成纤维细胞)增殖的作用[40]。

综上,润僵五味汤医治RA作用机制与调控相关信号通路、调节机体免疫功能、调控细胞凋亡、抑制炎症反应相关,具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特性。


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基金资助:内蒙古自治区自然科学基金项目(2020MS08030);


文章来源:黎明,苏景明,白塔那.基于网络药理学探讨润僵五味汤治疗类风湿关节炎的作用机制[J].中国老年学杂志,2024,44(12):2876-2881.

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