摘要:目的探讨人类ErbB2转录因子1(TOB1)基因多态性与陕西汉族人群胃癌之间的关系。方法选取320例胃癌患者为胃癌组,350例经胃镜检查及病理活检排除胃癌的门诊患者为对照组,对TOB1基因4个候选单核苷酸多态性(SNP)位点(rs61482741、rs34700818、rs12601477、rs4626)进行基因分型。分析TOB1基因候选SNP位点等位基因、基因型、显性模式和隐性模式频率与胃癌风险的关系;分析TOB1基因候选SNP位点连锁不平衡情况。结果胃癌组与对照组TOB1基因4个候选SNP位点基因分型结果均符合哈迪-温伯格平衡(P>0.05)。TOB1基因易感位点包括内含子区域rs61482741位点G等位基因(P=0.011,OR=1.42,95%CI=1.15~1.78)、GG基因型(P=0.016,OR=1.91,95%CI=1.18~3.23)、显性模式GG+CG基因型(P=0.032,OR=1.44,95%CI=1.05~1.93)、隐性模式GG基因型(P=0.043,OR=1.68,95%CI=1.03~2.74);外显子区域rs4626位点G等位基因(P=0.006,OR=1.41,95%CI=1.16~1.76)、GG基因型(P=0.006,OR=1.85,95%CI=1.20~2.85)、显性模式GG+AG基因型(P=0.023,OR=1.53,95%CI=1.10~2.16)、隐性模式GG基因型(P=0.028,OR=1.56,95%CI=1.09~2.21);内含子区域rs34700818和rs12601477位点等位基因、基因型、显性模式和隐性模式频率在胃癌组与对照组间比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论TOB1基因内含子区域rs61482741和外显子区域rs4626位点可能是陕西汉族人群胃癌高风险易感基因位点。
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胃癌是临床常见肿瘤之一,高发于东亚、西欧及拉丁美洲等地区,其病死率仅次于肺癌和肝癌,5年生存率仅为10%~15%[1]。我国胃癌患者人数约占全球胃癌患者总人数的50%,为社会及家庭带来了沉重的负担[2]。近年来研究发现,胃癌是由饮食、环境和遗传因素共同决定的多因素复杂疾病[3],但具体作用机制尚未完全明确。1996年,有研究在ErbB2受体型蛋白酪氨酸激酶与蛋白相互作用时首次发现了人类ErbB2转录因子1(TOB1)基因,TOB1蛋白是BTG/TOB家族抗增殖蛋白成员之一,其与细胞核内的转录因子结合,调节基因的表达水平[4]。近期研究发现,TOB1基因表达差异与胃癌、结肠癌、乳腺癌、肺癌细胞的增殖、侵袭和转移能力有关[5,6,7];且TOB1基因遗传多态性与胃癌发病风险存在密切关系[8]。但在陕西汉族人群胃癌的相关研究中还未见类似报道,因此,本文主要研究TOB1基因rs61482741、rs34700818、rs12601477、rs46264个单核苷酸多态性(SNP)位点与陕西汉族人群胃癌的关系,现将结果报道如下。
1、资料与方法
1.1一般资料
选取2016年1月至2018年10月本院肿瘤外科和肿瘤内科经病理活检确诊的胃癌患者320例为胃癌组。胃癌临床诊断及病理分期依据《WS316-2010胃癌诊断标准》[9]。胃癌组患者TNM分期为:0期8例,Ⅰ期97例,Ⅱ期124例,Ⅲ期68例,Ⅳ期23例。选取本院经胃镜检查及病理活检排除胃癌的门诊患者350例为对照组。纳入标准:同意加入本研究,并签署知情同意书;均为陕西汉族人群,且无血缘关系,无异族通婚史。排除标准:合并心脑血管疾病、糖尿病、肿瘤及其他全身性疾病。两组性别、年龄、体质量指数(BMI)等一般资料比较,差异均无统计学意义(P>0.05),具有可比性,见表1。本研究经本院伦理委员会批准。
1.2方法
1.2.1基因组DNA提取
采集胃癌组和对照组静脉全血2mL,乙二胺四乙酸二钾(EDTA-K2)抗凝,混匀后取200μL全血待测;采用血液基因组DNA提取试剂盒(TIANGEN公司,DP348离心柱型)提取DNA,操作步骤严格按照说明书进行;加入100μLpH8.0TEDNA缓冲液洗脱DNA,采用NanoDrop2000微量紫外分光光度计测量基因组DNA水平;采用pH8.0TEDNA缓冲液调整DNA终水平至50ng/μL;置于-80℃冰箱保存备用。
表1两组一般资料比较
1.2.2候选SNP位点选择,引物与酶切位点设计
本研究使用https://www.ncbi.nlm.nih.gov网站筛选TOB1基因SNP位点,以中国汉族人群数据库最小等位基因频率>0.05为筛选标准,结合相关研究[9],选定17号染色体rs61482741(NM001243877)、rs34700818(NM001243877)、rs12601477(NM001243877)、rs4626(NM001243877)为本次研究候选SNP位点。采用PrimerPremier5软件设计PCR扩增引物;在https://genome.ucsc.edu网站使用In-SilicoPCR软件验证各SNP位点PCR扩增引物特异性。PCR扩增引物委托上海生工生物科技有限公司合成。在http://watcut.uwaterloo.ca网站使用SNP-RFLPanalysis软件筛选4个SNP位点限制性片段长度多态性(RFLP)内切酶位点;限制性内切酶Eam1104I(rs61482741,货号:FD0234)、Csp6I(rs34700818,货号:FD0214)、TaiI(rs12601477,货号:FD1144)、Alw26I(rs4626,货号:FD0034)购于ThermoScientificTM公司。见表2。
表2PCR扩增引物与限制性内切酶片段多态性位点实验设计
1.2.3候选SNP位点基因分型
PCR扩增:采用BIO-RADC1000梯度PCR仪,PCR扩增试剂为康为世纪公司2×TaqPlusMasterMix(Dye)试剂盒(货号:CW2849L),反应体系为2×TaqPlusMasterMix(Dye)25μL,正向引物(10μmol/L)2μL,反向引物(10μmol/L)2μL,模板DNA1μL(约50ng/L),用双蒸馏水补足总体积至50μL。扩增程序:预变性94℃2min;变性94℃30s;退火(rs61482741为55℃30s,rs34700818和rs2601477为58℃30s,rs4624为62℃30s);延伸72℃30s共30个循环,延伸72℃2min,12℃保存。限制性酶切:4个SNP位点分别取扩增产物5μL加入对应的限制性内切酶[Eam1104I(rs61482741)、Csp6I(rs34700818)、TaiI(rs12601477)、Alw26I(rs4626)]0.5μL,10×FastDigestBuffer1μL,纯水8.5μL补足总体积至15μL酶切体系;37℃孵育15min,80℃灭活10min。取酶切后的产物5μL加入康为世纪公司6×Loadingbuffer(CW0610)1μL混合。2.0%琼脂糖凝胶(EB染料)水平电泳,DNAMarker选用DL500DNAMarker试剂盒(Takara公司,货号:3590A),电压110V,30min后使用BIO-RADGelDocXR+凝胶成像仪分析结果。各SNP位点不同RFLP类型片段大小判断标准见表2。为确认分型结果,随机抽取5%标本通过直接测序法验证基因分型结果准确性。
1.3统计学处理
采用SPSS17.0软件进行数据分析。计量资料以±s表示,组间比较采用t检验;计数资料以例数或百分率表示,计数资料组间比较、哈迪-温伯格平衡检验均采用χ2检验;采用二元Logistic回归进行风险关联分析,使用年龄、性别、BMI、吸烟史、饮酒史等参数校正两组等位基因与基因型差异;连锁不平衡区域单倍体型分析采用Haploview4.2软件,两相邻SNP位点分析以D′=1表示两位点完全连锁,D′=0表示两位点不存在连锁不平衡,D′>0.8表示高度连锁;r2在0到1之间变化反映连锁不平衡程度,r2越接近1表示两位点连锁程度越高。以P<0.05为差异有统计学意义。
2、结果
2.1TOB1基因候选SNP位点等位基因频率与胃癌的风险关联结果
胃癌组与对照组TOB1基因4个候选SNP位点(rs61482741、rs34700818、rs12601477、rs4626)基因分型结果均符合哈迪-温伯格平衡(P>0.05),两组具有群体代表性,可用于病例-对照研究。TOB1基因内含子区域rs61482741位点G等位基因频率胃癌组为36.4%,高于对照组的29.9%,G等位基因携带者患胃癌风险是C等位基因的1.42倍(P=0.011,95%CI=1.15~1.78)。外显子区域rs4626位点G等位基因频率胃癌组为50.6%,高于对照组的43.1%,G等位基因携带者患胃癌风险是A等位基因的1.41倍(P=0.006,95%CI=1.16~1.76)。内含子区域rs34700818和rs12601477位点等位基因频率在胃癌组与对照组间比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。见表3。
表3TOB1基因候选SNP位点等位基因频率与胃癌的风险关联结果[n(%)]
2.2TOB1基因候选SNP位点基因型、显性模式和隐性模式频率与胃癌的风险关联结果
内含子区域rs61482741位点基因型(CC与GG)比较中,胃癌组GG基因型频率为13.4%,高于对照组的8.6%,GG基因型携带者患胃癌风险是CC基因型的1.91倍(P=0.016,95%CI=1.18~3.23);在显性模式(GG+CG与CC)胃癌组与对照组比较中,GG+CG基因型携带者患胃癌风险是CC基因型的1.44倍(P=0.032,95%CI=1.05~1.93);在隐性模式(GG与CG+CC)胃癌组与对照组比较中,GG基因型携带者患胃癌风险是CG+CC基因型的1.68倍(P=0.043,95%CI=1.03~2.74)。外显子区域rs4626位点基因型(GG与AA)比较中,胃癌组GG基因型频率为25.6%,高于对照组的18.6%,GG基因型携带者患胃癌风险是AA基因型的1.85倍(P=0.006,95%CI=1.20~2.85);在显性模式(GG+AG与AA)胃癌组与对照组比较中,GG+AG基因型携带者患胃癌风险是AA基因型的1.53倍(P=0.023,95%CI=1.10~2.16);在隐性模式(GG与AA+AG)胃癌组与对照组比较中,GG基因型携带者患胃癌风险是AA+AG型的1.56倍(P=0.028,95%CI=1.09~2.21)。内含子区域rs34700818和rs12601477位点基因型、显性模式和隐性模式频率在胃癌组与对照组间比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。见表4。
表4TOB1基因候选SNP位点基因型、显性模式和隐性模式频率与胃癌的风险关联结果[n(%)]
2.3TOB1基因候选SNP位点连锁不平衡分析
TOB1基因4个SNP位点等位基因分型数据结合其在17号染色体上的位置信息,使用Haploview4.2软件分析得到4个SNP位点的连锁不平衡关联图,见图1。rs61482741、rs34700818和rs12601477位点位于一个连锁不平衡区域,其中rs34700818与rs12601477位点存在高度连锁关系(D′=0.91,r2=0.76),rs61482741与rs34700818位点存在高度连锁关系(D′=0.81,r2=0.52)。连锁分析发现,rs61482741、rs34700818和rs12601477组成的单倍体GAT型频率胃癌组为22.7%,低于对照组的28.9%,GAT单倍体型携带者患胃癌风险比其他单倍体型低(P=0.010,OR=0.72,95%CI=0.57~0.92)。单倍体CAT型频率胃癌组为12.8%,高于对照组的4.1%,CAT单倍体型携带者患胃癌风险比其他单倍体型高(P<0.001,OR=3.44,95%CI=2.19~5.40)。见表5。
表5rs61482741、rs34700818和rs12601477单倍体频率在两组中的分布情况比较(%)
图1TOB1基因候选SNP位点连锁不平衡关联图
3、讨论
胃癌的发生是遗传因素和环境因素共同作用的结果,其具体致病机制尚不明确,目前越来越多的研究发现遗传因素在胃癌的发生、发展中发挥着重要作用。TOB1基因具有抑制细胞增殖的能力,TOB1蛋白低表达可能与胃癌的发生、发展密切相关。
TOB1基因位于常染色体17q21.3-22上,其编码的TOB1蛋白相对分子质量为45000,由345个氨基酸组成,属于BTG/TOB蛋白家族[10,11]。在脊椎动物中,BTG/TOB蛋白家族包括BTG1、BTG2/PC3/Tis21、BTG3/ANA、BTG4/PC3B、TOB1/TOB和TOB2,其共用一个保守的BTG同源氨基末端。研究发现,BTG区域包含BoxA和BoxB两个区域,其中BoxA具有抗增殖作用,BoxB是靶分子特异性结合区域[12]。TOB1蛋白与人类表皮生长因子受体2(HER-2)基因存在高度相关性,TOB1蛋白抑制癌基因HER-2的表达,从而抑制肿瘤细胞增殖[12]。KUNDU等[13]的体外细胞培养研究发现,胃癌MKN28和AGS细胞系TOB1基因过表达可以激活Smad4及抑制β-连环蛋白信号通路,从而抑制肿瘤细胞增殖。后续还发现胃癌MKN28和AGS细胞系中TOB1基因过表达能阻滞G1前期,诱导细胞凋亡。另外,SEAN等[14]在乳腺癌MCF-7细胞系中发现TOB1基因过表达能阻滞G1~S期,通过瞬时转染在MCF-7细胞中增强TOB1基因表达时可见细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂P27表达上调,同时,抗凋亡蛋白Bcl-2和Bcl-XL表达下调,在转染shRNA-TOB1细胞中结果相反。YU等[15]经免疫组织化学分析了97例胃癌组织标本,发现97%的胃癌患者组织中TOB1基因表达缺失或显著下降,蛋白印迹试验发现3/4的胃癌细胞系中存在TOB1蛋白表达下降,磷酸化TOB1蛋白比例明显升高。
近年来,越来越多的证据表明遗传变异在大多数疾病中起到关键作用,特别是在肿瘤疾病中[16]。作为常见的突变形式,多个基因SNP位点在研究中被证明与胃癌相关[17,18]。WANG等[8]收集了506例胃癌患者和548例健康对照者标本,研究了TOB1基因11个候选SNP位点与东北汉族胃癌患病风险的关联,结果发现,与健康对照者比较,rs12601477、rs4626、rs34700818和rs61482741等位点在胃癌患者中存在显著性差异,并且rs12601477、rs34700818、rs12950561、rs9903822、rs11656976、rs7221352和rs61482741位点在一个连锁不平衡区域,rs4626、rs35220381、rs12649115位点在另一个连锁不平衡区域。本研究在陕西汉族胃癌患者中验证发现,rs12601477、rs34700818、rs61482741位点位于一个连锁不平衡区域,与东北汉族结果一致,但东北汉族胃癌患者rs12601477和rs34700818位点的D′为0.99,高于陕西汉族的0.91;而变化最显著的是rs12601477和rs61482741位点,东北汉族胃癌患者D′为0.96,本研究陕西汉族D′下降到0.64。
本研究在等位基因比较中发现,内含子区域rs61482741位点G等位基因频率胃癌组为36.4%,高于对照组的29.9%,G等位基因携带者患胃癌风险是C等位基因的1.42倍,与WANG等[8]研究结果一致;在显性模式(GG+CG与CC)胃癌组与对照组比较中,GG+CG基因型携带者患胃癌风险是CC基因型的1.44倍。在东北汉族人群中,rs61482741位点GG+CG基因型被证明与T3~T4期胃癌风险增加有关[8]。外显子区域rs4626位点显性模式(GG+AG与AA)胃癌组与对照组比较中,GG+AG基因型携带者患胃癌风险是AA基因型的1.53倍。在东北汉族人群的研究中证实,rs4626位点显性模式GG+AG基因型与58岁以上人群患胃癌的风险增加相关[8]。
4、结论
本研究初步验证了人类TOB1基因SNP位点rs61482741和rs4626可能是陕西汉族人群胃癌的易感基因位点,且涉及的多种遗传模型为后续研究提供了方向,也为胃癌的早期预防提供了生物学标志物。
参考文献:
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